第２次世界大戦終結後、再び米国から、たくさんのプロテスタント・キリスト教が伝えられました。その中に、北米キリスト改革派教会（クリスチャン・リフォームド・チャーチ＝ＣＲＣ）があります。ＣＲＣは日本キリスト改革派教会と宣教協力を結び、おもに東日本に教会を立てる方針を打ち出しました。そして、敗戦焦土と化した東京の都市機能が回復するにつれ、首都圏に団地が作られたことにともない、ＣＲＣはあちこちの団地に教会を立てました。上福岡教会もその一つです。
日本キリスト改革派上福岡教会は、上福岡の町に立てられた最初のプロテスタント教会です。ブルノギ宣教師が岩永隆至牧師を招いて始めました。１９６２年５月６日、最初の礼拝が行われ、この日を「伝道開始記念日」と呼んでいます。また、１９６５年１２月１２日、ＣＲＣミッションの伝道所から独立して日本キリスト改革派教会に加入した日を「教会設立記念日」と呼んでいます。
上福岡教会は、さらに三つの教会を生み出しました。坂戸教会（１９７７年伝道開始・１９８０年教会設立）、新座志木教会（１９８３年伝道開始・１９９０年教会設立）、せんげん台教会（１９９７年伝道開始・２００２年教会設立）です。この３番目の教会作りのために、初代の牧師である岩永牧師を派遣し、上福岡教会には新座志木教会から熊田雄二牧師を迎えました（１９９９年）。
そして２００６年１１月、約４０年にわたって活動してきた上福岡３丁目の旧会堂から鶴ケ岡１丁目に建設した新会堂に移転し、「信仰・希望・愛」にあふれる教会を目指して、新たな一歩を踏み出しました。