日本にカトリック・キリスト教が伝えられたのは、江戸時代前の戦国時代にさかのぼります。プロテスタント・キリスト教が伝えられたのは、江戸時代末期、黒船来航により鎖国が解かれてからです。おもに米国から、たくさんのプロテスタント・キリスト教が伝えられました。その最初のプロテスタント宣教師が、改革派（または長老派）の宣教師でした。
幕末から明治にかけて、たくさんのプロテスタント教会が立てられましたが、第２次世界大戦の時、宗教団体法による教会合同がなされ、信仰告白や教会政治の一致がないまま「日本キリスト教団」が作られました（１９４１年）。しかし、敗戦の翌年、「日本基督教団」から脱退して純粋な聖書信仰を求める人々により、「日本キリスト改革派教会」が創立されました（１９４６年）。『創立宣言』は、戦争のために教会がゆがめられたことを悔い改め、聖書に忠実な教会を立てることを決意しています。